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新型乳腺组织染色质免疫共沉淀方法
点击次数:1068 更新时间:2015-12-15

基因的表达受到多种转录因子及其相关蛋白的调控, 基因表达调控常用研究方法包括转录因子结合实验、 电泳迁移阻滞实验、 酵母单杂交系统和染色质免疫共沉 淀 技 术。尽管这4种方法均可以鉴定转录因子在DNA 中的结合位点, 但前3种方法需要将DNA与转录因子分离到体外进行实验, 无法真实地反映在不同生理状态下, 转录因子与相应靶基因识别与结合的真实情况。

 

ChIP技术通过甲醛交联, 将某一时刻DNA与转录因子之间的作用情况“ 快照” 下来, 可真实、 完整地反映特定时刻下, 目的蛋白在全基因组序列中的结合情况, 因此,近年来该技术得到越来越广泛的应用。ChIP研究多以细胞系或从组织分离培养所得的细胞为材料, 但离体培养的细胞无法*模拟体内细胞相应的生理状态, 无法排除细胞培养过程中对基因表达及其调控产生的影响。已有直接将组织作为elisa试剂盒

ChIP材料、 避免细胞培养可能产生的潜在影响的报道。目前有关组织ChIP方法远不及以细胞 ChIP方法成熟, 相关研究报道也较少, 同时急需进一步研究*适合不同组织的ChIP方法。

ChIP技术通过甲醛交联固定结合在染色质上的蛋白, 经细胞裂解、 染色质断裂, 用结合有相应抗体的沉降珠捕获并分离目的蛋白DNA复合物, zui后经反交联、 纯化后, 得到与目的蛋白结合的 DNA片段。目前大多数利用 ChIP技术对DNA与蛋白之间相互作用进

行的研究均是以细胞为材料, 将活体组织作为ChIP材料的报道较少, 尚未有以乳腺组织为 ChIP材料的报道。与脾脏等组织不同, 乳腺组织中含有大量乳腺纤维, 致使样品均一化处理时难以分离得到呈单一状分布的细胞, 且细胞容易破损, 回收率低。泌乳期乳腺细胞裂解后, 裂解液中含有大量的乳脂和乳蛋白, 严重影响杂交效率。超声法断裂染色质过程中易产生积热、 易导致反交联和蛋白质变性, 因此对超声波仪的温控要求较高。

针对以上问题, 研究人员以Stat为目的蛋白对传统的组织染色质免疫共沉淀方法进行了改进, 寻找适合乳腺组织的染色质免疫共沉淀方法。

研究人员省略组织均一化步骤、 用酶切 超声法代替超声法进行染色质片段化、 在细胞裂解和酶切步骤间增加洗涤步骤。结果显示, 与脾脏组织相比, 乳腺组织不适合进行组织均一化处理。酶切 超声法比超声法更适于对乳腺组织进行染色质片段化。采用改进后的 ChIP方法获得的DNA样品中, 靶序列得到显著的富集, 所得的DNA样品能够满足测序(ChIP Seq) 要求。结果说明, 改进后的方法适用于乳腺组织染色质免疫共沉淀。elisa试剂盒

研究人员认为,利用改进后的方法, 将乳腺组织经抗体与磁珠耦合、 组织处理、 交联、 酶切 超声裂解、 孵育、洗涤、 反交联和纯化共8步处理后, 经QPCR方法证实, 得到了富集有 Stat靶序列片段的DNA片段, 且样品质量达到华大公司对ChIP样品的测序要求。测序分析结果显示, 利用改进后的ChiP方法获得的样品数据背景干净、 峰形显著、 重复性高, 可满足ChIP Seq要求。elisa试剂盒

这些结果说明, 改进后的方法适用于乳腺组织染色质免疫共沉淀, 该方法为研究乳腺基因表达调控奠定了基础。

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