Holt等利用蛋白质芯片技术筛选能够相互结合的特异抗体—抗原成分，他们利用12种表达较强但尚未接触任何抗原的抗体片段筛选含有27 648种人胎脑蛋白的蛋白质芯片，从中找出了4组高度特异性的抗原—抗体复合物，其中有3种抗体结合的蛋白质功能不明，说明这种抗原—抗体的结合技术是一种具有较高特异性和敏感性的筛选方法，可以用于高通量筛选分离各种不同的抗体成分，或检测基因的表达和蛋白质分子间的相互作用，这将有助于对某些疾病（包括肿瘤）的发病分子机制的研究，以及协助寻找疾病诊断和治疗的靶分子。

    Walter等将4 800种从人胎脑cDNA表达库hExl的液体表达培养中得来的样本排列在丙烯酰胺（polyacrylamide）包被的显微玻片上蛋白质阵歹U，用于进行同步筛查。Ge等采用低密度UPA系统研究分子间相互作用，其中分别采用蛋白质、DNA、RNA以及小分子化学配体作为探针。蛋白质阵列也将成为重组抗体文库筛选的工具，英国剑桥医学研究委员会已经应用hExl蛋白滤膜（hExl protein filters）开发一种新的筛查系统，可用于分离针对于人类蛋白质中多不同靶标的特异性抗体。

    抗体芯片是蛋白质芯片中发展zui快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。美国BDClontech公司推出*张用于研究的抗体芯片，芯片上排列了378种已知蛋白质的单克隆抗体（Abmicroarray 380）。

    抗体是经过精心挑选的，这些抗体不仅可以识别人源的蛋白质，对小鼠和大鼠样品同样有效。另外，每个抗体的结合亲和力都经过了实验测定，从多种抗体来源的克隆中筛选出反应特异性好、交叉反应程度小、信号明显的抗体，并且还要保证信号与抗原浓度有着良好的线性关系。优化的抗体探针保证了反应的特异性和灵敏度（可检测20pg／ml的抗原浓度）。

    芯片的检测是用荧光报告分子，常用的荧光扫描仪都能够完成。这些单克隆抗体对应的蛋白都是细胞结构和功能上十分重要的蛋白质，涉及信号传导、肿瘤、细胞周期调控、细胞结构、细胞凋亡和神经生物学等广泛领域。通过这张芯片，在一次实验中就能够比较几百种蛋白的表达变化。

    基因芯片、组织芯片和蛋白质芯片几种技术可以进行有机地结合，相互验证，先从转录水平进行初步的筛选差异表达基因，然后从蛋白水平进行验证，对于个别重要的候选蛋白质，再从组织芯片的角度扩大样本数加以确定。